La historia del Club Atlético UNIÓN de Santa Fe se remonta al año 1907, cuando un grupo de visionarios sentaron las bases de lo que sería el futuro Club. En la casa de la familia Baragiola se reunieron catorce ex socios del Santa Fe Football Club, un club que en esa época había desaparecido, y por ello querían crear uno nuevo para competir en la Liga local de fútbol.

 Así, el 15 de Abril de 1907, bajo la arboleda del patio de los BARAGIOLA, se abrió el acta de fundación del Club UNITED. La camiseta elegida fue a bastones verticales de nueve centímetros con los colores rojo y blanco, en homenaje al Club Alumni. Poco tiempo después se resolvió castellanizar el nombre del club y pasó a llamarse Club Atlético UNIÓN de Santa Fe.

 La primera sede fue una habitación en una casona de la calle Catamarca y su primer estadio se localizó en el lote ubicado entre las calles Urquiza, Suipacha, Francia y Junín de la ciudad de Santa Fe, donde actualmente se encuentra el Colegio de Nuestra Señora del Calvario. Los nombres de quienes participaron en su fundación son: Federico ACHEMBACH - Antonio BARAGIOLA - Primo BILLORDO - Cayetano BOSSI - Nestor A. CASABIANCA - José CEPEDA - Guillermo DRENNER - Enrique FAYÓ - José FAYÓ - Pedro GIBELLA - Secundino NOCEDA - Belisario OSUNA - Guillermo SCARTASCINI y José TRENTINI.

 El primer gol en la historia de UNIÓN fue conquistado por Belisario OSUNA en 1907 en un partido jugado contra Rosario Central. En 1910 se decidió trasladar la cancha a un lote comprendido entre las calles Boulevar Pellegrini, San Jerónimo, Cándido Pujato y 9 de julio, donde actualmente se encuentra el edificio del rectorado y Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales de la Universidad Nacional del Litoral.

 En 1913 se inscribió a la Liga Rosarina de Football, dejando de jugar en la liga local.

 En 1926 se adquieren unos terrenos ubicados en Avenida Freyre y Boulevar Pelligrini, para ser usados como campo de deporte. En 1928 el Club es dueño de un terreno totalmente pago e inicia las obras que llevarán a la construcción del actual estadio de fútbol 15 de Abril.

 El 28 de Abril de 1929, el gobernador Pedro Gomez Cello de la Provincia de Santa Fe dio el puntapié inicial del partido con que se inauguró la cancha y se disputó un partido contra un combinado de la Asociación Amateurs Argentina, al que derrotó UNIÓN 3 a 1 con goles de FACCIONI, MIR y WILDE. A los simpatizantes que estuvieron en la inauguración del Estadio se les ofreció una medalla como recuerdo.

 En 1931 UNIÓN formó parte de la fundación de la Liga Santafesina de Fútbol y logró en ese año el primer campeonato liguista. A partir de 1932 el Club comienza a practicar oficialmente básquetbol. En 1940 se inscribió en los registros de la Asociación del Fútbol Argentino, comenzando a participar de la Segunda División de Ascenso.

 En 1966, después de ganarle a Talleres de Remedios de Escalada por 3 - 0, el 26 de Noviembre, se consagraba campeón y asciende a Primera División, donde permanecería sólo una temporada, retornando a segunda para la temporada 1968.

 Ese mismo año consiguió su segundo ascenso a Primera División, al ganarle a Nueva Chicago por 3 - 0 en la última fecha de reclasificación, el 7 de Diciembre. Esta vez su suerte sería un poco mejor, logrando la clasificación al Torneo Nacional en 1969, pero siendo relegado nuevamente en 1970.

 Luego de este descenso, el Club decidió desafiliarse para volver a la liga e intentar conseguir, a través de los viejos regionales, la vuelta a Primera participando en el desaparecido Torneo Nacional. Sin embargo, esto no pudo lograrse.

 Tras dos temporadas sin participación, en 1973 la gestión de la Comisión Directiva presidida por Súper Manuel CORRAL, hizo que UNIÓN fuera nuevamente aceptado en la Primera B y al año siguiente se consiguió un nuevo retorno a Primera División, tras derrotar a Estudiantes de Buenos Aires por 1 - 0 el 14 de Diciembre.

 En 1975 se contrató al técnico Juan Carlos LORENZO intentando dar un impacto en Primera División y así lograr buenos resultados no solo futbolísticos sino también a nivel Institucional. Además se contrata a Hugo GATTI, Rubén "Chapa" SUÑÉ, "Pancho" SA, entre otros grandes jugadores.

 En 1979 cumplio su mejor temporada en Primera, logrando el subcampeonato en el Torneo Nacional tras caer ante River Plate por aplicación de la regla de goles como visitante. Ese mismo año perdió la posibilidad de participar en la Copa Libertadores de 1980 tras caer ante Vélez Sarsfield por 4 - 1 en el partido clasificación.

 Tras trece años en la máxima categoría, en 1988 UNIÓN desciende al perder con Racing de Córdoba por penales, en un partido disputado en La Bombonera.

 En el Torneo 1988/89, logra su cuarto ascenso a Primera División derrotando en la final a su clásico rival Colón de Santa Fe, con dos victorias que quedaron grabadas para siempre en el sentimiento de los TATENGUES: 2 - 0 en el Cementerio de los Elefantes, con goles del "Potro" ECHANIZ y el "Negro" ALTAMIRANO (el 22 de Julio) y 1 - 0 en la Avenida, con gol de tiro libre de Leonardo Carol MADELÓN (el 29 de Julio).
Tres temporadas más tarde, en 1992, es nuevamente relegado a segunda.

 En el torneo 1996 logra el quinto y hasta ahora último ascenso a Primera División, a pesar de caer 1 - 0 ante Instituto, gracias al 3 - 1 conseguido como local. Fue el único ascenso logrado fuera de casa.

 En 2003 vuelve a perder la categoría, permaneciendo en el Nacional B hasta la fecha. Sus primeros años en segunda división son acompañados por una grave crisis económica que incide en su desempeño deportivo. En 2004 incluso debe revalidar su categoría en la promoción contra Tristán Suárez, la cual gana cómodamente.

 A pesar de que luego logró consolidarse en la segunda división, hasta el momento no ha mostrado un gran potencial para el retorno a Primera, sin siquiera clasificar al Torneo Reducido que permitía disputar la promoción. Su mejor actuación, hasta el momento, la dejó en la Temporada 2006/07, con apenas un doble octavo puesto en los Torneos Apertura y Clausura e igual posición en la tabla acumulada, a cuatro puntos de clasificar al Reducido.